Kostel je podle klášterní tradice připomínán poprvé roku 1267. Stál u hlavní klášterní brány směřující k západu (pozdějšímu městu Kutné Hoře) a minimálně od dob opata Heidenreicha sloužil jako kostel pro konvrše, tedy laické příslušníky řádu. Byl původně jednolodní s neodděleným závěrem v šířce i výšce lodi. Při jižním boku lodi v západním průčelí stála věž.

Až v pokročilém 14. století došlo k přístavbě a rozšíření kostela, v roce 1389 vystavil pražský arcibiskup Jan z Jenštejna odpustkovou listinu k Božímu hrobu v Sedlci, který se nacházel právě zde. Ke staršímu raně gotickému jednolodnímu kostelu byla přistavěna od severu druhá loď, zakončená rovněž vlastním polygonálním závěrem a mezi sebou byly oba prostory propojeny vysekanými otvory. Vznikl tak dost neobvyklý architektonický útvar velkého kostela o dvou lodích zakončených vlastním závěrem. Každá loď však měla jinou výšku a šířku, byla vystavěna jinou stavební technikou a členěna jiným architektonickým aparátem. Mezi oba východní závěry byla postavena věž. Od této doby se kostel stal vyhledávaným cílem poutníků. Také právě pro tento kostel vznikla kolem roku 1400 známá sedlecká monstrance. Po zrušení cisterciáckého řádu byl kostel uzavřen a pro celkové zchátrání byl v roce 1817 zbořen.