Tento bývalý konventní chrám zaujímá v dějinách české a středoevropské architektury období gotiky a baroka mimořádné postavení. Vznikl v letech cca. 1290 – 1320 a vynikal progresivním půdorysem katedrálního závěru a řešením skrytého opěrného systému. Byla to původně trojlodní bazilika vystavěná z kvádrového neomítaného zdiva, interiér byl klenut žebrovými klenbami a osvětlen kružbovými okny, nad křížením hlavní a příčné lodi se zdvihala mohutná a vysoká věž.

Po vypálení husity v roce 1421 a 280 let dlouhé pomlce byl stavebně konzervován stavitelem Pavlem Ignácem Bayerem v letech 1700-1702. Při následující rekonstrukci v letech 1702-1709 byly respektovány zachované části gotického chrámu, které inspirovaly architekta Jana Blažeje Santini-Aichela k uplatnění stylu, který později dostal název barokní gotika. Chrám dostal nové střechy a klenby, západní průčelí bylo doplněno štítem a předsíní. Původní Santiniho barevnost interiéru byla řešena ve dvou tónech zelené barvy, sytější na vystupujících článcích a slabší na základních plochách, kterou vystřídala dosavadní okrová a bílá barva stěn až v polovině 19. století.

Po zrušení cisterciáckého řádu se chrám stal na počátku devatenáctého století farním pro Sedlec a blízký Malín a poté prošel trojí opravou v rámci 19. století – v letech 1805, 1853 – 1854 a 1897 – 1900. Posledně jmenovanou obnovu prováděl architekt Ludvík Lábler, a ve srovnání s rekonstrukcí Vlašského dvora nebo s restaurováním chrámu sv. Barbory, kde aktivně působil, nebyl jeho úkol tak koncepčně náročný. Přesto si velké plochy stěn uvnitř i zvenčí stavby, rozměry a počet oken, rozsah ploch střešní krytiny nebo podlahy chrámu vyžádaly rovněž velké úsilí a finanční nároky. Chrám byl slavnostně vysvěcen v roce 1902, ale až kolem roku 1910 byla celková obnova završena výstavbou nového sanktusníku.