Tato dvoupatrová stavba poměrně drobných rozměrů, jejíž spodní podlaží sloužilo k ukládání kostí exhumovaných ze hřbitova a horní podlaží jako kaple, kde se sloužily mše za zemřelé, byla postavena souběžně s konventním chrámem před rokem 1320. Původně měla nad lodí vysokou valbovou střechu bez štítu a západní věžice ukončené ve tvaru luceren, ve kterých hořelo věčné světlo.

Za husitských válek byla poškozena, horní kapli obnovili v letech 1661, úpravu spodní kostnice a přístavbu předsíně projektoval Jan Blažej Santini po roce 1710. Podle klášterní tradice tu byla kosterní výzdoba dekorativním způsobem upravena už v 16. století. Při přestavbě prostoru nechal Jan Blažej Santini instalovat novou výzdobu, která byla v roce 1870 doplněna řezbářem Františkem Rintem o množství detailů složených z kostí, které pokrývaly klenby hlavního prostoru, stály ve výklencích nebo doplňovaly mobiliář. Tehdy kostnice patřila Karlu Schwarzenberkovi, jenž úpravy financoval, a proto byl nad hlavním schodištěm umístěn znak jeho rodu.

Nejvýznamnějším pramenem v našem archivu je akvarel od Jana Erazima Vocela, který jako jediný zachycuje prostor kostnice ještě v barokním stavu. Cenné jsou též první fotografie výzdoby od Jindřicha Dittricha.